"수고하세요"는 아랫사람한테 하는 말이라는데..

윗 사람한테는 고생하셨습니다.

좋뱅이 쳐라랑 동의어로 생각된다는 뜻이구요
맞는말이기는 하지만 호의를 가지고 하는 말은 아니니
그렇게 말한사람과는 될수있으면 한발자국 떨어져서 생활하십시오
다음에 비슷한 경우엔 안녕하계세요 내일(다음에)뵙겠습니다 정도로 하세요

저도 모르고 계속 사용했네요.

1. 아랫사람이 윗사람에게 "수고하셨습니다.", "수고 많으셨습니다.", "고생하셨습니다.", "고생 많으셨습니다."라는 표현을 사용해도 좋습니까?
=>문의하신 내용은 언어 예절과 관련되는데, 이에 대해서는 어문 규정으로 정해진 바 없어 질문하신 내용에 명확한 답변을 드리기는 어렵습니다. 다만, 참고로 정보를 드리면 "표준 언어 예절"에서는 '수고하다/고생하다'를 윗사람에게 쓰기 적절하지 않은 표현으로 보고 있습니다.

2. 동사 '수고하다'에 주체 높임 선어말어미 '-시-'를 결합할 수 없습니까?
=>'수고하다'에 '-시-'를 결합하는 데 문법적 제약은 따로 없습니다.

3. 1번 질문에서 사용된 표현의 대체 표현에는 무엇이 있습니까?
=> '수고하셨습니다.'를 대체하여 쓸 수 있는 표현이 정해져 있는 것은 아니나, 상황에 따라 '먼저 들어가 보겠습니다.', '안녕히 계십시오.', '고맙습니다.' 등과 같이 표현하실 수 있겠습니다.

https://www.korean.go.kr/front/onlineQna/onlineQnaView.do?mn_id=216&qna_seq=301678